针对土地确权不在一起是否合法的问题，我们可以依据相关法律规定进行分析。
根据《中华人民共和国土地管理法》第十四条（最新版）规定：“土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。”若土地确权不在一起是通过协商、政府处理等合法程序实现的，则符合该法条规定；若未经合法程序擅自分开，属于改变土地利用现状的违法行为，违反了该法条的禁止性规定。
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关于土地确权不在一起是否合法的问题，需结合具体情况判断。
土地确权不在一起是否合法需分情况讨论：
1. 若土地为共有财产且所有共有人未达成一致，擅自将确权分开不合法；
2. 若土地涉及国家或集体土地，未经政府批准将确权分开不合法；
3. 若符合法律规定的程序（如依法申请分割、转让等），则土地确权分开合法。
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土地确权不在一起可能存在一些法律风险，以下为您详细说明。
1. 土地使用权丧失风险：若未经合法程序擅自将土地确权分开，可能被认定为非法改变土地利用现状，导致土地使用权被收回。例如，某村民未经政府批准将自家确权的宅基地擅自分割给他人，被土地管理部门发现后，收回了其分割部分的土地使用权；
2. 经济损失风险：因非法分割土地可能面临罚款等经济处罚。例如，某企业未经批准将确权的工业用地分割转让，被处以土地出让金20%的罚款。
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土地确权不在一起的处理可能受到一些特殊情况的影响，以下为您分析。
1. 共有财产情况：若土地为多个共有人共有，需所有共有人同意才能将确权分开，否则即使程序合法也可能无效。例如，兄弟二人共有一块确权土地，哥哥未经弟弟同意擅自申请分割，土地管理部门不予批准；
2. 政府规划调整：若土地涉及政府规划调整，可能导致土地权属发生变化，影响确权分开的结果。例如，某块确权土地被纳入城市规划拆迁范围，此时申请土地分割将无法获得批准；
3. 历史遗留问题：若土地存在历史遗留的权属争议，可能导致确权分开的程序复杂化，需要先解决历史争议才能进行分割。例如，某块土地在解放前属于家族共有，解放后未明确确权，现在申请分割需要先解决历史权属问题。

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